Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События разворачиваются после завершения сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона». Игра в карты «Авангард» стала обычной частью жизни для Айти Сэндо и Тосики Кая. Их привычный порядок нарушает Такуто Тацунаги, который объявляет турнир по приглашениям. Он собирает сильнейших игроков мира, включая Айти и Тосики. Цель турнира - карта «Гармоничного Мессии», которая, по словам Такуто, необходима для спасения мира от разрушения.

Параллельно с турниром по миру происходят исчезновения игроков, использующих карты «Авангарда». Организатором этих событий оказывается Кодзи Ибуки. Его мотивы и связь с угрозой разрушения мира остаются неясными. Айти и Тосики сталкиваются с необходимостью выяснить, что стоит за действиями Кодзи, и предотвратить катастрофу. Исход противостояния определяет, удастся ли сохранить мир и вернуть пропавших игроков.