Детектив Конан: Джолли Роджер в глубине лазури

События одиннадцатого фильма происходят на острове Коми в Тихом океане. На острове из поколения в поколение передается легенда о «Подводном дворце», который представляет собой древние руины на морском дне. Согласно преданию, там спрятаны сокровища двух женщин-пиратов, живших триста лет назад, Энн Бонни и Мэри Рид.

Во время отпуска на острове Когоро, Конан, Ран и «Команда юных детективов» встречают группу охотников за сокровищами. Вскоре персонажи оказываются вовлечены в серию преступлений, связанных с поисками спрятанного клада. Развитие событий строится вокруг выяснения обстоятельств этих преступлений и определения местонахождения сокровищ.