Исчезновение Харухи Судзумии

Кион приходит в школу в холодный декабрьский день, ожидая очередного мероприятия с членами бригады SOS. Вместо привычной обстановки он обнаруживает, что ситуация кардинально изменилась: Харухи Судзумия и Ицуки Коидзуми отсутствуют, Микуру Асахина не узнаёт его, Юки Нагато стала обычным человеком, а Рёко Асакура таинственным образом вернулась. Несмотря на его опыт со сверхъестественными событиями, Кион испытывает беспокойство из-за этих перемен и начинает самостоятельное расследование.

Кион оказывается единственным, кто помнит прежнюю реальность. Перед ним встаёт выбор: принять новую жизнь, которая соответствует его давнему желанию вести обычное существование, или найти способ вернуть прежний мир с его хаосом и знакомыми ему людьми. Его решение определит, останется ли он в этой изменённой версии реальности или восстановит ту, которую знал ранее.